Sua eleição foi contestada pelo antipapa Anastácio, o Bibliotecário, que chegou a invadir o Palácio de Latrão e prender Bento III. No entanto, o apoio popular e do clero forçou a retirada do usurpador. Bento III foi um homem de oração e modéstia, dedicando-se a reparar os danos causados por seus antecessores e a fortalecer a disciplina interna da Igreja.