Embora tenha governado por menos de um ano, Bonifácio III obteve um decreto crucial do imperador Focas, que declarava que “a Sé do Apóstolo Pedro deveria ser a cabeça de todas as igrejas”, proibindo o Patriarca de Constantinopla de usar o título de “Ecumênico”. Ele também legislou sobre a proibição de tratar da sucessão papal enquanto o pontífice estivesse vivo.