Comprou o papado de Bento IX na intenção de salvar a Igreja do escândalo, mas a transação foi considerada simonia. O imperador Henrique III interveio, convocou o Concílio de Sutri e depôs Gregório VI. Ele partiu para o exílio na Alemanha, acompanhado pelo jovem monge Hildebrando (futuro Gregório VII).