Inocêncio II enfrentou um longo cisma contra o antipapa Anacleto II. Ele obteve o apoio crucial de São Bernardo de Claraval, que viajou pela Europa defendendo sua legitimidade. Convocou o Segundo Concílio de Latrão (1139) para encerrar o cisma e reformar a disciplina clerical. Sob seu governo, a Ordem dos Templários recebeu privilégios significativos.