Pelágio II governou Roma sem ajuda imperial bizantina, voltando-se para os Francos em busca de proteção, o que antecipou a futura aliança política da Igreja. Ele trabalhou na reconstrução da Basílica de São Lourenço Fora dos Muros. Durante seu governo, os Visigodos na Espanha converteram-se ao catolicismo. Morreu vítima de uma terrível epidemia de peste que assolou Roma.