Foi o primeiro Papa de ascendência germânica. Sua eleição foi conturbada pela presença do antipapa Dióscoro, que morreu poucos dias depois. Bonifácio II confirmou os decretos do Concílio de Orange, encerrando definitivamente a controvérsia semipelagiana. Ele tentou nomear seu próprio sucessor (Vigílio) para evitar novos cismas, mas a forte oposição do clero o forçou a queimar o decreto de nomeação diante da assembleia.