Filho de um sacerdote, Agapito trabalhou para elevar o nível cultural do clero. Assim como João I, viajou a Constantinopla em uma missão de paz para impedir a invasão da Itália por Justiniano. Embora a missão política tenha falhado, ele teve sucesso religioso ao depor o patriarca herético Ântimo e consagrar pessoalmente o sucessor ortodoxo Menas, reafirmando a autoridade papal sobre o Oriente. Morreu em Constantinopla e seu corpo foi levado de volta a Roma em um caixão de chumbo.